De første konvertitter
Den detroniserede konge slog sig ned hos fremtrædende borgere og rige købmænd i de nordtyske handelsbyer – et område, hvor Luther og protestantismen var meget populær. Christian II’s trofaste allierede Hans Mikkelsen, tidligere borgmester i Malmø, var så vidt vides den første af Christian II’s følge, der konverterede og blev protestant, men mange i følget fulgte hurtigt efter. Christian II udviste også selv stor interesse for lutherdommen og besøgte i løbet af de næste år flere gange Martin Luther i Wittenberg og i denne forbindelse konverterede ikke bare han, men også hans hustru.

Christian II’s dronning og kejseren
Christian II’s hustru var imidlertid søster til Karl V – kejseren af det Tysk-Romerske Rige, overhoved for den habsburgske slægt og repræsentant for katolicismen i Europa. Kejseren så ikke med milde øjne på parrets overgang til Lutherdommen. Ydermere skyldte han Christian penge, faktisk hele 150.000 gylden, der var den aftalte medgift i forbindelse med Christian II ægteskab med Karl V’s søster Elisabeth. Normalt ville medgiften være blevet betalt i forbindelse med brylluppet, men bl.a. fordi Christian II havde nægtet at skille sig af med sin elskerinde Dyveke var medgiften endnu blevet udbetalt. Det store beløb var politisk vigtigt. Denne enorme sum ville have potentiale til at give den afsatte konge en hær, som han kunne forsøge at vinde tronen tilbage med.

Religionen som stridspunkt
Religionen blev derfor et stridspunkt imellem Christian II og svigerfamilien og da hans hustru, Elisabeth døde, blev deres børn fjernet fra Christians varetægt og bragt til kejserhoffet for at sikre, at de blev opdraget i den katolske tro. Desuden fortælles det, at Elisabeth på sit dødsleje ”kom til fornuft” og konverterede tilbage til katolicismen. Det er dog usikkert om dette er korrekt.

Forhandlinger om medgift og konvertering
Christian II havde meget lidt, eller ingen, succes med sine generobringsplaner af Danmark og endte på et slot i Lier i Flandern, hvor han levede meget isoleret, fordi hans protestantiske tro fremmedgjorde ham over for den habsburgske slægt. I 1530 indledte Christian II forhandlinger med Karl V om at få to tredjedele af medgiften – 100.000 gylden – mod at frasige sig ”det lutherske kætteri”. Ligesom religionen tidligere havde været årsag til strid mellem de to parter gjorde Christian II det nu til en handelsvare i en større politisk forhandling. Efter lange forhandlinger gav den tysk-romerske kejser Christian II 24.000 gylden, der finansierede et erobringstogt mod Norge.

Christian II tages til fange og konverterer igen
Togtet slog fejl og Christian II blev taget til fange af danske soldater og bragt til Sønderborg slot, der i de næste mange år skulle blive hans fængsel. I dette fængsel konverterede han tilbage til protestantismen og levede resten af sine dage som protestant. Dog med undtagelse af et kort flirt med katolicismen i forbindelse med Grevens Fejde, hvor en gruppe katolikker tilbød militær- og politisk støtte til endnu et generobringsforsøg af den danske trone. Da dette ikke lykkedes forblev han – så vidt vides – overbevist lutheraner resten af sine dage.

Diskussionen om religionens betydning
Forskere har i flere generationer diskuteret, hvordan vi skal forstå alle disse religiøse skift hos Christian II. Nogen mener, at han var overbevist lutheraner og kun konverterede tilbage til katolicismen for at opnå økonomiske støtte til generobringsforsøget af det danske rige. Andre har argumenteret for, at han udelukkende konverterede til protestantismen for at opnå opbakning blandt de nordtyske købmænd. Nogen mener, at han var et meget søgende menneske og derfor eksperimenterede med troen ligesom han udfordrede rammerne for så meget andet i samfundet. Vi kan næppe nogensinde opnå vished om, hvad Christian II personligt mente om dette, men begivenhedsforløbet viser den store sammenhæng, der var mellem tro og politik i perioden omkring Reformationen i Nordeuropa.