Martin Luther selv interesserede sig ikke særligt meget for naturvidenskab, men derimod meget for sprogvidenskab. Lang tid betragtede omverdenen ham som en del af renæssancens humanisme og det var ikke helt forkert. For han delte humanismens ambition om at læse tekster på grundsprogene. Og han interesserede sig for logisk argumentation og offentlig debat og var med til at indføre offentlige disputationer på universitetet.

Samtidig kritiserede Luther samtidens filosofi. Filosofi kunne kun bruges til verdslige anliggender. Når det drejer sig om religion, måtte filosofien give op. Historievidenskaben spillede i reformationen en stor rolle, og det er i forlængelse af reformationen, at vi finder de første forsøg på samlet historieskrivning, fx hos Matthias Flacius. Naturvidenskaben interesserede som nævnt ikke Luther så meget. Så længe videnskaben ikke talte imod Bibelens anliggende, havde Luther ingen indvendinger.  Hvor videnskab og Bibel stødte sammen, måtte videnskaben lade sig vejlede. Det gjaldt fx astrologien, som nogle i reformationstiden betragtede som en underafdeling af fysikken. Astrologien modsagde for Luther Guds Ord og måtte derfor afvises. I det hele taget var Luther skeptisk overfor alt for stor tiltro til menneskets erkendelsesevne. Menneskets erkendelse var alt for ofte for farvet af skjulte motiver til, at man kunne have ubetinget tillid til den. På den ene side støttede han naturvidenskabens eksperimentelle og erfaringsbaserede synspunkter, som dog skulle afgrænses klart fra naturfilosofi og metafysik. På den anden side havde teologien for Luther stadig en overdommerrolle. Naturvidenskab var godt, men skulle samtidig bedømmes kritisk.

Luthers nære ven og medarbejder, Philipp Melanchton, havde et andet forhold til astrologien. For ham var den en del af fysikken.  På den baggrund afviste han fx at besøge Chr. III i København, fordi stjernerne sagde ham, at sejlads ville være forbundet med stor fare.

Men også andre videnskaber kastede Melanchthon sig over med stort engagement.  Han var aktiv inden for naturfilosofi, matematik, astronomi, medicin, geografi m.m., men også inden for discipliner som pædagogik, politisk teori, sproglære og naturligvis teologi. På en lang række områder repræsenterede Melanchthon en produktiv syntese af reformation og ekspanderende videnskab. Hans indføring i psykologi, Liber de anima, blev anvendt som grundbog over hele Nordeuropa langt efter Melanchthons død.  Og flere af hans andre værker satte ligeledes i lang tid den akademiske standard.

Melanchthon holder gennem sit virke ganske mange forelæsninger i fysik, dog først og fremmest på baggrund af antikke kilder. Heraf kan man se, at han holder fast i det ptolemæiske verdensbillede og afviser Kopernicus. I Melanchthons vurdering af Kopernicus spiller hans pædagogiske virke ind. Melanchthon var både forsker og lærer og han lagde nok mest vægt på det sidste. Derfor måtte han  afvise Kopernicus. Han ville på den ene side undgå faren for radikal religionskritik, på den anden side fandt han det ptolemæiske verdensbillede betydeligt mere velegnet ud fra didaktiske hensyn. En underviser havde som pligt han fremlægge sin viden så klart, præcist og ikke mindst så gentageligt som muligt.

Først med Wilhelm von Humboldts universitetsreform får man formuleret en ny ambition for sammenhængen mellem forskning og undervisning. Melanchthon synes at have været mere splittet, selv om han ikke selv giver udtryk for det. På den ene side understøtter han forskningen, på den anden side bekymrer han sig om undervisningen. Målet var den undervisning, der bedst udfyldte sit formål: at danne og uddanne ungdommen til at varetage samfundsunderstøttende funktioner og embeder. Det betød til gengæld, at Melanchthons universitetsreform holdt helt til Humboldt og gav ham tilnavnet praeceptor Germaniae  (Tysklands læremester).

Reformationens forståelse af forholdet mellem religion og videnskab er med Luther og Melanchthon langt fra præget af nogen absolut modsætning, men heller ikke at nogen modsigelsesfri syntese. Forholdet var derimod præget af intern spænding.